비공개기업의 주식가치평가는 실무적으로 매우 중요한 이슈이다. 본 연구는 1986년부터 2001년 사이에 증권거래소와 KOSDAQ에 신규로 등록한 기업을 대상으로 두 자본시장에서 IPO 기업의 자산가치와 수익가치에 근거한 주식가치평가에 차이가 있는지를 분석하였다. 거래소 IPO기업 323개와 코스닥 IPO기업 341개를 대상으로 실증분석 한 결과 코스닥시장은 거래소시장에 비하여 자산가치는 유의적으로 낮게, 수익가치는 유의적으로 높게 평가하는 것으로 나타났다. 이러한 성향은 기업특성을 통제한 이후에도 동일하게 나타났으며, 주식시장의 성향에 따라서 가치평가에 차이가 있음을 보여주고 있다.